Älykkääseen erikoistumiseen tähtäävien alueellisten innovointistrategioiden kehittämisessä on keskeistä toimintapolitiikasta saatujen oppien soveltaminen ja muilla alueilla hyviksi todettujen toimintatapojen jakaminen. Mutta mitä alueita olisi pidettävä vertailukohteena ja miten ne voidaan tunnistaa? Nämä ovat perustavanlaatuisia kysymyksiä minkä tahansa toimintapolitiikan oppimisprosessissa ja vertailuanalyysissä.
Viitealueilla on keskenään samanlaiset rakenteelliset olosuhteet, joita innovaatiovetoinen kehitys edellyttää. Nämä ominaispiirteet eivät ole helposti muutettavissa lyhyellä aikavälillä ja niiden on osoitettu vaikuttavan siihen, miten innovointi ja talous alueella kehittyvät. Sosiaalisilta, taloudellisilta, teknologisilta, institutionaalisilta ja maantieteellisiltä ominaispiirteiltään ja rakenteiltaan samanlaisten alueiden tarkastelu auttaa ymmärtämään, mitä toimintapolitiikkoja ja -tapoja voidaan tosiasiallisesti jakaa ja mitä vaikutuksia niillä voi olla vastaavanlaisilla alueilla. Vaikutukset – toimintapolitiikan tulokset, taloudellinen menestys ja innovoinnin tulokset – rakenteellisesti samanlaisilla alueilla voivat luonnollisestikin olla joko myönteisiä tai kielteisiä. Vertailu ei perustu tuloksiin eikä sen tarkoituksena ole valita "parhaiten suoriutuvia alueita" vertailukohteeksi. Ajatuksena on pikemminkin, että toimintapolitiikan oppimisprosessi on todennäköisesti tehokas vain, jos vertailukohteet ovat keskenään samanlaisia ja että oppia voidaan ottaa sekä muiden onnistumisista että epäonnistumisista, kunhan olosuhteet ovat riittävän samanlaiset.
Rakenteellista samankaltaisuutta arvioidaan 42 muuttujan perusteella. Muuttujat kuvaavat sosiodemografisia ominaisuuksia, alakohtaista rakennetta, teknologista erikoistumista, talouden avoimuutta ja ulkoisia yhteyksiä, liikeyritysten kokoa, laitostyyppejä ja laitosten laatua, sosiaalisia asenteita, yrittäjähenkeä ja inhimillistä pääomaa. Muuttujista muodostetaan indeksi, jonka avulla voidaan mitata alueiden välistä rakenteellista "etäisyyttä".
Vuorovaikutteisen välineen luomassa luettelossa alueet esitetään alenevassa järjestyksessä siten, että valittua aluetta eniten muistuttavat alueet luetellaan ensin. Alueiden järjestys määräytyy rakenteellista etäisyyttä kuvaavan indeksin mukaan (alhaisempi arvo = rakenteellisesti lähempänä valittua aluetta).